生信分析化学材料模式药物化学示例场景
小分子与靶点蛋白的分子对接筛选
我有 20 个候选小分子（smiles.csv）和一个靶点蛋白的 PDB 结构，识别结合口袋后做分子对接，按结合能排序，预测前 5 个分子的 ADMET 性质，输出结果表和结合模式图。
智能体怎么做
- 准备结构处理蛋白（去水、加氢、补全残基），由 SMILES 生成三维构象并质子化。
- 口袋与对接识别结合口袋并确定对接盒子，批量对接并保留最优构象。
- 排序与预测按对接分数排序，对前几名做 ADMET 性质预测，标注潜在风险。
- 可视化输出关键相互作用（氢键、疏水作用）的结合模式图，并提醒对接分数的局限。